New York City se encuentra mayormente ubicada en la islas de Staten Island, Manhattan y zona oeste de Long Island, con una pequeña parte continental en la zona del Bronx y algunas pequeñas islas aledañas al puerto. Debido a la ubicación favorable de la isla, Nueva York , era reconocida mundialmente por el transporte por barco de pasajeros entre América del Norte y Europa hasta que surgió el transporte vía aérea.

Según un informe que realizó la oficina de censo de EEUU. la ciudad tiene una superficie total de 1214,4 km² (468,9 m²); 785,6 km² (303,3 mi²) que pertenecen a tierra firme y 428,8 km² (165,6 mi²) están cubiertos por agua. En total el 35,31% está cubierto por agua. La comunidad menos poblada en Nueva York es Staten Island, debido a las colinas y relieves poco favorables a diferencia de Manhattan donde a causa de la súper población y el poco espacio los edificios altos son los predominantes. Como consecuencia del calentamiento global., el nivel del mar continúa aumentando, lo que constituye una grave amenaza para la ciudad, que podría verse afectada como consecuencia de ello.